在IKZF1中一种非编码的调节变异增加了西班牙裔/拉丁裔儿童急性淋巴细胞白血病的风险
Adam J de Smith1, Lara Wahlster2, Soyoung Jeon1
1Center for Genetic Epidemiology, Department of Population and Public Health Sciences, University of Southern California Keck School of Medicine, Los Angeles, CA 90033, USA; USC Norris Comprehensive Cancer Center, University of Southern California, Los Angeles, CA 90033, USA.
西班牙裔/拉丁裔儿童面临更高的急性淋巴细胞白血病 (ALL) 风险. 在IKZF1基因附近的新遗传信号解释了这种增加的风险,与美国土著祖先和减少的基因表达有关.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 在瘤学瘤学.
- 人口健康 人口健康
背景情况:
- 在美国,西班牙裔/拉丁裔儿童患急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的发病率最高.
- 导致这种差异的潜在遗传因素在很大程度上是未知的.
- 之前的研究还没有完全阐明这种人群中ALL风险增加的特定遗传基础.
研究的目的:
- 在西班牙裔/拉丁裔儿童中识别与急性淋巴细胞白血病 (ALL) 风险相关的遗传变异.
- 研究已识别的风险变异对基因表达和细胞机制的功能后果.
- 阐明在西班牙裔/拉丁裔儿童中观察到较高ALL发病率的遗传基础.
主要方法:
- 对西班牙裔/拉丁裔和非西班牙裔白人背景的个体进行了基因精细测绘分析.
- 进行了关联研究,以确定新的ALL风险信号.
- 功能性研究研究了风险等位基因对IKZF1基因表达和B细胞原始体中的调控元素的影响.
主要成果:
- 特别是在自我报告的西班牙裔/拉丁裔个体中,在IKZF1基因附近发现了一种新的,独立的儿童ALL风险信号.
- 确定的风险等位基因,在西班牙裔/拉丁裔人群中存在约18%,与美国土著祖先相关,显著增加了ALL风险 (效应大小约1.44).
- 这种风险等位基因与IKZF1表达的减少有关,其中一个特定的变体破坏了IKZF1在下游增强剂的自我调节,这对亲B细胞发育至关重要.
结论:
- 在IKZF1附近的一种特定的遗传变异对西班牙裔/拉丁裔儿童急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的风险显著增加.
- 这一发现凸显了美洲原住民祖先在塑造这一群体内的ALL风险方面的作用.
- 该研究为ALL发病率观察到的差异提供了遗传解释,强调了遗传因素对人口特异性癌症风险的重要性.
更多相关视频
09:34Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease
Published on: April 4, 2018
07:15Determining the Likelihood of Variant Pathogenicity Using Amino Acid-level Signal-to-Noise Analysis of Genetic Variation
Published on: January 16, 2019
相关概念视频
Lethal Alleles
Lucien Cuénot discovered lethal alleles in 1905 while studying the inheritance of coat color in mice. The agouti gene is responsible for the color of the coat in mice. This gene codes for an agouti-signaling protein, which is responsible for melanin distribution in mammals. The wild-type allele gives rise to gray-brown coat color in mice, while the mutant allele gives rise to yellow coat color. In addition to coat color, the agouti gene is associated with the yellow...
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Histone Variants at the Centromere
Genetic Lingo
Non-LTR Retrotransposons
