在小鼠胚胎中发现和描述从CRISPR/Cas9中SgRNA序列独立的DNA裂变
Liyun Yang1, Lijiao Chen2, Yang Zheng1
1State Key Laboratory of Primate Biomedical Research, Institute of Primate Translational Medicine, Kunming University of Science and Technology, Kunming, Yunnan 650500, China.
Genomics
|March 27, 2024
概括
在小鼠胚胎中进行CRISPR/Cas9基因编辑会导致DNA双链断裂 (DSB),即使是低脱的单向导RNAs (sgRNAs). 这些DSB是序列独立的,并影响胚胎发育.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 发展生物学 发展生物学
背景情况:
- 修改CRISPR/Cas9基因可能会导致意外的目标外效应.
- 关于检测裂纹及其对胚胎发育的影响的数据有限.
研究的目的:
- 研究CRISPR/Cas9系统微注射后的DNA裂变检测及其对小鼠胚胎发育的影响.
- 为了比较不同脱率的sgRNAs.
主要方法:
- 微注射不同脱率的sgRNAs到小鼠的阴茎中.
- 使用γH2AX免疫染色和CUT&Tag.分析DNA裂变部位.
- 基因本体学 (GO) 对DSB相关序列的注释.
主要成果:
- 注射后15小时观察到DNA双链断裂 (DSB) 的显著峰值,特别是在低离位sgRNA组.
- 与对照组相比,CUT&Tag测序揭示了较低的目标外sgRNA组中的更多DSB相关的序列,没有染色体特异性.
- GO分析表明,DSBs集中在参与关键生物过程,分子功能和细胞组件的基因中.
结论:
- 在早期的小鼠胚胎中,CRISPR/Cas9系统诱导了许多sgRNA序列独立的DSB.
- 这些DSB可以在全基因组范围内检测和表征,从而影响关键的细胞功能.
- 这些发现需要考虑,以优化CRISPR/Cas9系统的使用和开发.
