在废水样本中对纳米和聚乙烯糖醇基病毒度的比较评估
Kata Farkas1, Jessica L Kevill1, Rachel C Williams1
1School of Environmental and Natural Sciences, Bangor University, Bangor, Gwynedd LL57 2UW, United Kingdom.
FEMS microbes
|March 28, 2024
概括
废水流行病学使用Nanotrap®微生物体颗粒 (NMP) 和聚乙烯糖醇 (PEG) 来控制病毒度. 对于低丰度病毒和测序,PEG更好,而对于丰富病毒,NMP更快.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的流行病学对于社区级病毒监测至关重要.
- 高效的样本处理仍然是废水监测的一个关键挑战.
研究的目的:
- 为了比较Nanotrap®微生物组颗粒 (NMP) 与聚乙烯糖醇 (PEG) 沉,以检测废水中的病毒度.
- 评估它们在病毒定量和下一代测序方面的表现.
主要方法:
- 废水样本中含有各种病毒 (SARS-CoV-2,流感,诺罗病毒等). ) 的情况.
- 使用NMP和PEG方法进行病毒度测试.
- 使用定量PCR (qPCR) 量化病毒载荷.
- 下一代测序用于病毒识别和分析.
主要成果:
- 根据病毒类型,NMP显示出可变的恢复率 (0.4%-21%) 和一致的结果.
- 对于高度丰富的病毒,NMP和PEG方法都实现了良好的恢复.
- 在恢复低丰度病毒和SARS-CoV-2测序方面,PEG沉的表现优于NMP.
- 较高的样本量增强了与PEG沉的病毒恢复.
结论:
- NMP是一种快速和用户友好的方法,可以将大量病毒集中在废水中.
- PEG沉更适合用于恢复低丰度病毒和全面的下一代测序分析.
- 方法的选择取决于病毒点和下游应用在废水监测.
