根据综合基因表达特征分析,鉴定胃癌中枢基因和潜在的发病因子
Hung Luu Truong Thanh1, Tien-Manh Hoang2, Hieu Hoang Van1
1Military Institute of Traditional Medicine, Hanoi, Vietnam.
Asian Pacific journal of cancer prevention : APJCP
|March 28, 2024
概括
这项研究确定了五个关键基因 (SPP1,INHBA,MMP7,THBS2,FAP) 作为胃癌 (GC) 的潜在生物标志物. 这些基因可能有助于对这种常见恶性瘤的预后评估和治疗选择.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 胃癌 (GC) 是全球癌症死亡的主要原因之一.
- 识别新的生物标志物对于改善患者的治疗结果至关重要.
研究的目的:
- 用生物信息学方法识别胃癌中的枢纽基因和潜在机制.
- 评估已识别的枢纽基因的预后意义.
主要方法:
- 使用了微阵列数据的 GEO 数据库 (GSE54129,GSE79973,GSE55696).
- 通过使用limma package.识别了差异表达基因 (DEGs).
- 进行了GO和KEGG通路丰富分析.
- 通过STRING构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用网络,并使用cytoHubba识别了枢纽基因.
- 使用GSE15459数据集验证的枢纽基因显著性.
主要成果:
- 在胃癌中确定了73个DEG.
- 功能性丰富显示出涉及异生菌刺激,消化和代谢过程.
- 凯格路径包括药物代谢 (cytochrome P450) 和胃酸分泌.
- 确定了前五个中心基因:SPP1,INHBA,MMP7,THBS2和FAP.
- 这些枢纽基因与患者整体存活率有很强的相关性.
结论:
- SPP1,INHBA,MMP7,THBS2和FAP被确定为胃癌的潜在生物标志物.
- 这些基因可以作为预后评估和治疗策略选择的治疗标.
