通过整合生物信息学分析,对小鼠和人类在乙氨基引起的肝损伤中的基因表达进行比较分析
Shanmin Zhao1, Yan Feng1, Jingyuan Zhang1
1Department of Laboratory Animal Sciences, School of Basic Medicine, Naval Medical University, NO. 800 Xiangyin Road, 200433, Shanghai, China.
BMC medical genomics
|March 29, 2024
概括
在小鼠和人类之间对乙氨基诱导肝损伤 (AILI) 的基因表达进行比较,发现了显著的物种特异性差异. 确定了常见的生物过程和关键的调节基因,为AILI分子机制提供了洞察力.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 毒理学和药理学 毒理学和药理学
- 肝病学 肝病学是一种肝病学.
背景情况:
- 小鼠是药物诱导性肝损伤 (DILI) 的常见模型.
- 在小鼠和人类之间的DILI病原体存在显著差异.
- 了解特定物种的基因表达对于准确的DILI建模至关重要.
研究的目的:
- 为了比较人类和小鼠之间的乙氨基诱导肝损伤 (AILI) 的基因表达.
- 确定两种物种AILI的基础生物过程中的相似性和差异.
- 研究保存的分子机制和潜在的治疗点.
主要方法:
- 使用R和Limmma对公共基因表达数据集 (GSE218879,GSE120652) 的分析.
- 鉴定差异表达基因 (DEGs),包括共同表达的和特定物种的DEGs.
- 基因组丰富分析 (GSEA),基因本体学 (GO),KEGG途径分析和网络构建 (TF基因,miRNA基因,PPI) 用于枢纽基因识别.
主要成果:
- 观察到基因表达的显著差异,小鼠和人类之间的DEG重叠不到10%.
- 特定于小鼠的DEGs在细胞亡和内质网膜应激通路中得到了丰富.
- 人类特异性的DEGs集中在代谢过程中,而共同调节的基因主要参与生物合成和代谢途径. 确定了10个枢纽基因,包括CYP7A1和SREBF1,以及关键的调节因子 (转录因子和miRNA).
结论:
- 在AILI模型中直接比较DEG,可以发现大量的物种特异性差异.
- 通过生物信息学分析确定了常见的生物过程和保存的信号通路.
- 已确定的共同表达的枢纽基因和调节因素可能代表了解跨物种AILI分子机制的有价值的目标.
