在废水矩阵中改进了SARS-CoV-2RNA恢复,使用基于CTAB的提取方法

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 分子生物学分子生物学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 基于废水的流行病学 (WBE) 对于跟踪像SARS-CoV-2这样的传染病至关重要.
• 在废水中准确检测SARS-CoV-2严重依赖于高效的RNA提取,度和净化.
• 优化这些步骤对于可靠的公共卫生监测数据至关重要.

研究的目的:

• 为了比较四种常见的RNA提取方法在污水中检测SARS-CoV-2的效率.
• 为了确定一个协议,增强病毒RNA从废水样本的恢复.
• 评估样品物理化学特征对回收率的影响.

主要方法:

• 测试了四种RNA提取方法:基于CTAB的,基于TRIzol的,基于基亚酸盐 (GTC) 的基亚酸盐与旋柱,以及自动化偏磁粒子协议.
• 污水样本被人工接种了SARS-CoV-2.
• 使用定量逆转录聚合酶链反应 (RT-qPCR) 来量化RNA恢复率.

主要成果:

• 基于CTAB的方法显示了最高的病毒RNA恢复率.
• 在各种废水矩阵中,CTAB始终提供稳定的回收百分比.
• 基于TRIzol的提取是第二有效的方法.
• 与CTAB和TRIzol.相比,基于GTC和自动化方法的恢复率明显较低.

结论:

• 基于CTAB的RNA提取协议在复杂废水中恢复SARS-CoV-2RNA方面非常有效.
• 这种方法有望提高基于废水的流行病学的准确性和可靠性.
• 优化RNA恢复对于强大的传染病监测至关重要.