泛肠道病毒的表征揭示了亚利桑那州废水中临床相关亚型的神秘循环
Daryn E Erickson1,2,3, Kyle M Simmons1,2,3, Zachary A Barrand1,2,3
1Translational Genomics Research Institute, Flagstaff, AZ, USA.
在亚利桑那州的废水监测发现了多种肠道病毒,包括Enterovirus-D68 (EV-D68),在2022年夏末和秋季. 这种方法有助于识别公共卫生威胁,并为神经症状的诊断提供信息.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 肠道病毒可以引起轻度或严重的疾病,包括,但只有脊髓灰质炎病毒是可报告的,这限制了对其他亚型的理解.
- 关于非脊髓灰质炎肠道病毒分布的数据有限,这阻碍了公共卫生反应.
- 基于废水的流行病学为监测病毒循环提供了一个有希望的工具.
研究的目的:
- 确定在亚利桑那州高峰季节 (2022年夏末/秋季) 肠道病毒的流行情况.
- 评估病毒综合测试方法在发现和表征肠道病毒方面的有效性.
- 对检测到的肠道病毒,特别是肠道病毒-D68.8进行基因组学分析.
主要方法:
- 在亚利桑那州 (2022年7月至10月) 收集了儿童和长期护理居民的鼻腔样本,以及废水.
- PCR和测序针对一个共同的肠道病毒区域,其次是QIIME 2用于生物信息分析.
- 肠道病毒-D68 (EV-D68) 通过RT-qPCR特别检测,并通过全基因组测序确认.
主要成果:
- 考克萨基病毒A6,EV-D68和考克萨基病毒A19是亚利桑那州废水中最常见的肠道病毒 (86%的读数).
- 从2022年8月到10月中旬,EV-D68在废水中循环,但在人类样本中没有检测到.
- 遗传学分析表明,EV-D68的进口有限,有证据表明它在亚利桑那州的当地流通.
结论:
- 废水监测有效地识别出潜在的公共卫生威胁.
- 通过废水进行EV-D68监测可以为神经疾病的临床诊断提供信息.
- 这项研究强调了泛测试和基因组学方法对病毒发现的价值.
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