一个数据浏览应用程序,用于访问来自高资源和低资源环境的健康孕妇的基因和模块级血液转录组资料
Darawan Rinchai1,2, Tobias Brummaier3,4,5,6, Alexandra A Marr1
1Research Branch, Sidra Medicine, Al Gharrafa St, Doha 26999, Qatar.
概括
本研究介绍了一个用户友好的网络应用程序,用于分析妊娠血液转录组数据,提高数据的可访问性和研究人员的重用. 该应用程序可视化基因表达变化,有助于理解与怀孕有关的转录组学.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 转录组数据通常存储在公共存储库中,但许多研究人员无法访问.
- 提高RNA测序数据的可用性对于推动生物研究至关重要.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的网络应用程序,用于访问和分析妊娠血液转录组数据.
- 通过提供预先分析的,注释的信息来改善公共转录组数据集的重复使用.
主要方法:
- 在低资源环境下,从孕妇的血液样本中进行转录组分析.
- 整合和分析来自健康孕妇的公共血液转录组数据.
- 使用BloodGen3模块库进行数据分析.
- 开发了一个用于数据可视化和探索的Web应用程序.
主要成果:
- 部署了一个网络应用程序,提供妊娠血液转录组数据的模块级分析.
- 用户可以生成自定义可视化,如指纹网格和热图.
- 该应用程序整合了来自新型和公共队列的数据.
结论:
- 该网络应用程序作为一个有价值的独立资源,用于研究怀孕期间血液转录的变化.
- 它有助于与其他应用程序进行 BloodGen3 签名的交叉队列分析.
