在芬兰使用下一代测序检测废水样本中检测SARS-COV-2变异及其比例
Anssi Lipponen1,2, Aleksi Kolehmainen3, Sami Oikarinen4
1Expert Microbiology Unit, Department of Health Security, Finnish Institute for Health and Welfare, Kuopio, Finland. anssi.lipponen@thl.fi.
Scientific reports
|April 2, 2024
概括
废水监测有效地追踪严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种,如三角形和Omicron. 这种方法与临床数据保持一致,为 COVID-19 变种趋势提供关键的人口层面的见解.
科学领域:
- 环境科学环境科学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 监测严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种是非常重要的,因为不同的传播,死亡率和疫苗的有效性.
- 基于废水的监测提供了一个人口层面的方法来跟踪COVID-19大流行.
- 废水样本带来了诸如PCR抑制剂和不充分的测序覆盖面等挑战,使基因组分析复杂化.
研究的目的:
- 用部分基因组数据评估废水中SARS-CoV-2变种的存在和比例.
- 评估废水测序对监测SARS-CoV-2变种的时间和空间趋势的有用性.
主要方法:
- 使用了下一代测序与ARTIC网络的原始集.
- 使用生物信息学管道分析废水中的部分基因组数据.
- 在芬兰赫尔辛基,从2021年11月到2022年2月收集和分析废水样本.
主要成果:
- 到2021年12月中旬,三角洲变种在赫尔辛基废水中占主导地位.
- 2021年12月下旬,Omicron变种成为最常见的,并在芬兰的COVID-19病例中超越了Delta.
- 废水变体数据与患者样本中观察到的趋势一致.
结论:
- 从废水中测序部分SARS-CoV-2基因组是有效的鉴定变体.
- 废水监测提供了一种可靠的方法,用于监测人口层面上SARS-CoV-2变种的时间和空间趋势.
