CITEViz:通过使用R-Shiny的流细胞计类似的门工作流程,在CITE-Seq中交互分类细胞群

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 多原子单细胞测序试验,如通过测序对转录组和表皮细胞的细胞索引 (CITE-Seq),集成来自单个细胞的多种数据类型.
• CITE-Seq结合了RNA转录组和表面蛋白质表达概况,提供了比单模态方法更深入的生物学见解.
• 通过表面蛋白标记物 (隔离) 识别细胞群对于CITE-Seq数据分析至关重要,但可能是复杂的,需要广泛的编码.

研究的目的:

• 开发CITEViz,一个R-Shiny应用程序,旨在简化和标准化CITE-Seq数据的单元格关门过程.
• 为Seurat处理的CITE-Seq数据集中的网关细胞提供一个交互式平台.
• 为整体CITE-Seq数据评估提供质量控制 (QC) 指标的综合可视化.

主要方法:

• CITEViz是作为一个R-Shiny应用程序开发的.
• 该工具处理以Seurat对象格式的CITE-Seq数据.
• 交互式隔门是使用表面蛋白标记物进行的,类似于流动细胞计隔门.

主要成果:

• CITEViz成功应用于外围血液单核细胞CITE-Seq数据集,使主要血液细胞群的门成为可能.
• 该应用程序促进了对单细胞子集内的细胞异质性的调查,并确定了对供体特异性抗体检测变异.
• 在CITEViz中的可视化工具有助于对单细胞种群进行强大的分类.

结论:

• CITEViz标准化了CITE-Seq数据的网关工作流程,提高了细胞种群分类的效率.
• 该应用程序生成了针对多原子数据量身定制的基本特征图和QC数据.
• CITEViz将用户友好的界面设计与强大的数据结构相结合,为生物学家和计算科学家提供数据检索和分析,最终有助于假设生成.