变异效应预测器:系统审查和实用指南
Cristian Riccio1,2, Max L Jansen1,2, Linlin Guo3,4
1Cardio-CARE, Medizincampus Davos, Herman-Burchard-Str. 1, Davos Wolfgang, 7265, Davos, Switzerland.
选择正确的基因变异注释工具对于理解全基因组序列数据至关重要. 一本实用指南显示,仅使用三种工具就可以预测超过60%的功能影响,帮助研究人员进行分析.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 计算生物学 计算生物学
- 遗传变异分析 遗传变异分析
背景情况:
- 大规模的全基因组测序研究产生了大量的数据,但解释已识别的遗传变异的功能后果仍然是一个重大挑战.
- 许多计算工具用于预测变异的功能影响,但缺乏选择最合适的实际指导.
研究的目的:
- 为大规模关联分析提供选择变量注释工具的实用指南.
- 根据变体类型和预测的功能影响对标准化评估进行分类可用的工具.
主要方法:
- 进行了MEDLINE搜索,截至2023年11月10日,重点关注适用于广泛表型的工具,可在本地使用,最近更新.
- 使用序列本体学术语对118个已识别的数据库和软件包进行了分类,这些数据库和软件包基于36个变体类型和161个功能影响.
- 评估工具组合和独特的影响预测,包括与ACMG/AMP临床致病性指南相关的工具.
主要成果:
- 确定了118种工具,预测了36种变体类型的161种不同的功能影响.
- 三种工具 (SnpEff,FAVOR,SparkINFERNO) 的组合预测了99个 (61%) 的功能影响.
- 37个工具提供独特的影响预测,75个工具预测临床使用的病原性.
结论:
- 有100多个工具可用于预测众多功能影响,其中一个核心工具集包括三个工具,涵盖了大多数预测.
- 与较旧的工具相比,最近的工具不一定提供更广泛的功能影响预测能力.
- 未来的开发工作应该集中在预测目前不支持的变种类型的影响上,例如基因融合.
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