使用安普利康深度测序对Plasmodium falciparum体细胞进行基因定型

科学领域:

• 疟疾学 疟疾学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 多克隆性Plasmodium falciparum感染需要方法来区分和量化不同的性细胞克隆.
• 了解游戏细胞生产动态对于控制疟疾传播至关重要.

研究的目的:

• 识别和验证一种用于基因型定型的新型遗传标记物,用于定型Plasmodium falciparum成熟细胞组.
• 评估安普利康深度测序的有效性,使用该标记来估计混合感染中的克隆频率.

主要方法:

• 通过挖掘P. falciparum基因组的多态区域来确定一个游戏细胞基因型定型标记物.
• 标记物特异性的评估是使用RT-PCR对性细胞和非性细胞菌株进行的.
• 在实验混合物和实地分离物上使用安普利康深度测序来确定定量准确性和检测极限.

主要成果:

• 确定了pfs230基因的400bp区域作为一个高度多态的游戏细胞基因型定型标志物.
• 在马拉维的分离物中,pfs230标记物表现出较大的单元型多样性 (34个单元型) 与sera-2 (18) 和ama-1 (14) 标记物相比.
• 基因定型准确估计了混合物中的克隆频率 (RNA和DNA的一致性相关系数分别为0.97和0.92).
• 男性和女性类细胞的检测极限分别为0.41和1.98转录/μl.

结论:

• 在pfs230基因的特定区域作为一个有效的标志物用于基因定型的Plasmodium falciparum gametocytes.
• 对pfs230标记物的Amplicon深度测序使得能够准确地估计成熟的游戏细胞中的寄生虫克隆数量和频率.
• 这种基因型定型工具对于推进在多克隆疟疾感染中对游戏细胞生产动态的研究至关重要.