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Updated: Jun 29, 2025
07:13
ATAC-Seq Optimization for Cancer Epigenetics Research
Published on: June 30, 2022
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scifi-ATAC-seq:使用组合流体索引进行大规模单细胞色素可访问性测序.
Xuan Zhang1, Alexandre P Marand1,2, Haidong Yan1
1Department of Genetics, University of Georgia, Athens, GA, USA.
Genome biology
|April 8, 2024
概括
我们开发了scifi-ATAC-seq,这是单细胞ATAC测序的新方法. 这种技术显著增加了吞吐量,使得在更多的细胞和样本中对调节元素的全基因组分析成为可能.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 对于在单细胞分辨率下识别cis-regulatory元素至关重要.
- 现有的scATAC-seq方法在吞吐量和成本方面存在局限性,这阻碍了大规模研究.
研究的目的:
- 为了引入scifi-ATAC-seq,一种新的,高通量单细胞ATAC测序技术.
- 为了克服当前scATAC-seq方法的吞吐量和成本限制.
主要方法:
- scifi-ATAC-seq结合了组合流体索引与基于滴滴的单细胞ATAC测序.
- 一个带有条形码的Tn5预索引步骤与10X Genomics平台集成.
主要成果:
- scifi-ATAC-seq可以在一次反应中索引多达20万个原子核.
- 与标准的10X Genomics工作流相比,这意味着吞吐量增加了大约20倍.
结论:
- scifi-ATAC-seq显著提高了单细胞ATAC测序的可扩展性.
- 这一进步有助于在众多细胞和样本中对调控元素进行全面的全基因组分析.
