一个重新分析临床DNA测序数据的过程,以寻找肺-MAP主协议中的生物标志物匹配
Joel W Neal1, Katherine Minichiello2,3, Ryan Brennick4
1Department of Medicine, Stanford Cancer Institute, Division of Oncology, Stanford University, Palo Alto, CA, United States.
The oncologist
|April 10, 2024
概括
基因组数据再分析 (GDR) 成功地将现有的商业基因组数据重新用于癌症临床试验的资格,克服了组织限制. 这种生物信息学管道加速了患者的治疗替代研究分配,提高了试验招生率.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 临床试验 临床试验
背景情况:
- 癌症临床试验通常需要中央确认瘤基因组分析.
- 由于标准护理检测而导致的组织疲劳可能会限制患者参加这些试验.
- 像Lung-MAP这样的主协议需要特定的基因组测试结果来分配患者.
研究的目的:
- 开发和实施基因组数据再分析 (GDR) 过程,以重新利用现有的商业供应商原始基因组数据.
- 为了使患者在Lung-MAP总协议中符合治疗替代研究的资格和分配.
- 在临床试验中克服与组织样本限制相关的挑战.
主要方法:
- 开发了一个可扩展的生物信息管道,用于基因组数据再分析 (GDR).
- 应用GDR来重新利用现有的商业供应商原始基因组数据,以便在Lung-MAP试验中获得患者资格.
- 与传统的基于组织的测试比较GDR结果和周转时间.
主要成果:
- 在374名患者中有369名 (98.7%) 成功生成了使用GDR for Lung-MAP的分子结果.
- 从请求到GDR的结果的中位时间为9天.
- 相比之下,组织样本为87.4%的患者 (691/791) 在获得后14天的中位数中产生了结果.
结论:
- 基因组数据再分析 (GDR) 是一种有效且可扩展的临床试验资格的方法.
- 与传统的组织检测相比,GDR显著加快了分子结果的生成.
- 这种方法通过克服生物标志物驱动的癌症试验中的组织限制,提高了患者的入学率.
