在水牛 (Bubalus bubalis) 的精子中选择基因基因表达数据的参考基因,以便在不同季节对基因表达数据进行正常化
Rashi Vasisth1,2, Ankita Gurao1, Meenakshi Chitkara1,2
1ICAR- National Bureau of Animal Genetic Resources, Karnal, Haryana, 132001, India.
International journal of biometeorology
|April 11, 2024
概括
确定稳定的基因对精确的基因表达分析至关重要 牛精子在不同季节. 发现GAPDH和PP1A是最可靠的内部控制基因.
科学领域:
- 动物繁殖 动物繁殖
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 精确的基因表达分析依赖于选择稳定的参考基因进行正常化.
- 精子的mRNA反映了受热应激等环境因素影响的精子生成变化.
- 牛精液质量受到季节性变化的显著影响.
研究的目的:
- 为了确定最稳定表达的内部控制基因 (ICG),以使Murrah水牛公牛精子中的定量实时PCR (qPCR) 数据正常化.
- 评估不同季节的基因表达稳定性,其特点是温度湿度指数 (THI) 的变化.
主要方法:
- 从Murrah水牛公牛的精液样本被收集跨季节 (THI 55.8880.80).
- 使用BoviPureTM梯度方法净化精子.
- 分离RNA并进行qPCR分析,通过"endoGene"管道通过geNorm,NormFinder和BestKeeper算法评估稳定性.
主要成果:
- 在9个测试基因中,GAPDH和PP1A被确定为表达最稳定的基因.
- 在ATPSF1和ACTB中,表达最不稳定.
- 经过验证的ICG (GAPDH,PP1A) 为热应激 (HSFY2) 和精子质量 (AKAP4) 基因表达提供了可靠的正常化.
结论:
- 建议GAPDH和PP1A作为可靠的内部控制基因,用于跨季节在水牛精子中进行基因表达研究.
- 这些发现将提高与水牛的精子质量和热应激弹性相关的基因分析的准确性.
