基于 exoRBase 数据库构建和分析具有竞争力的内源性RNA 网络和与卵巢癌相关的预后模型
Zanhao Chen1, Chongyu Wang1, Jianing Ding1
1Department of Medicine, Xinglin College, Nantong University, Nantong City, Jiangsu Province, China.
PloS one
|April 11, 2024
概括
这项研究构建了来自卵巢癌 (OC) 患者血液外体的竞争性内源性RNA (ceRNA) 网络,确定了像RPL15和SERBP1这样的关键基因,作为OC的潜在诊断和治疗标.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 卵巢癌 (OC) 的发病因子仍然不完全理解.
- 血液外基因组包含有价值的分子信息,包括非编码RNA和mRNA.
- 竞争性内源RNA (ceRNA) 网络调节基因表达,并与各种疾病有关.
研究的目的:
- 构建一个具有竞争力的内源性RNA (ceRNA) 调节网络在卵巢癌 (OC) 患者的血液外体内.
- 通过生物信息学分析探索OC的潜在病原性.
- 确定OC的新型诊断和治疗点.
主要方法:
- 下载了来自OC患者和对照者的血液外体基因测序数据.
- 使用R.进行了对外体mRNA,lncRNA和circRNA的差异表达分析.
- 使用TargetScan,miRanda,miRcode和starBase数据库预测的miRNA相互作用.
- 使用Cytoscape软件构建并可视化了ceRNA网络.
- 进行了基因本体学 (GO) 和基因和基因组 (KEGG) 丰富分析的京都百科全书.
- 使用CytoHubba插件识别了中心基因.
主要成果:
- 选了31个差异表达的mRNA,17个lncRNA和24个circRNA.
- 构建了一个包含9个mRNA,2个lncRNA,8个circRNA和51个miRNA节点的ceRNA网络.
- 在GO和KEGG分析中确定了Spliceosome途径显著丰富.
- 突出突出异质核核核糖核蛋白K和RNA结合动机蛋白X链基因作为顶级枢纽基因.
- 在OC患者中发现了EIF4G2,SERBP1,RPL15和HCP5的高表达.
- 与免疫细胞透相关的SERBP1,RPL15和EIF4G2表达.
- 确定了巨和RPL15作为OC患者3年生存的显著预后因素.
结论:
- 在卵巢癌 (OC) 患者的血液外基因组中成功构建了ceRNA调节网络.
- 已识别的网络为OC的诊断和治疗提供了具体的目标.
- 该研究强调了外体ceRNAs在OC病变发生中的作用,并提供了潜在的生物标志物.
