Cas9定向的长读测序用于解决白血病诊断中的光学基因组映射发现
Eddy N de Boer1, Vincent Vroom2, Arjen J Scheper2
1Department of Genetics, University of Groningen, University Medical Center Groningen, CB51, Hanzeplein 1, 9713 GZ, Groningen, The Netherlands. e.n.de.boer@umcg.nl.
Scientific reports
|April 11, 2024
概括
光学基因组映射 (OGM) 对白血病诊断有希望,但Cas9定向长读序列 (LRS) 可以进一步完善断点分辨率. 这种组合增强了白血病中基因组异常检测的临床相关性.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 白血病的诊断依赖于标准护理 (SOC) 技术,如型,SNP-array和FISH,由于遗传异质.
- 光学基因组映射 (OGM) 可同时检测各种结构异常和较小的变体,而不是型化.
- 转基因生物的分辨率限制存在于标签之间的异常或不清晰的标签,需要进一步验证.
研究的目的:
- 评估Cas9定向长读测序 (LRS) 作为解决白血病诊断中的转基因发现的二次技术.
- 通过使用Cas9定向的LRS,评估OGM断点定位的精度.
- 为了证明Cas9定向LRS在重新定义临床相关性评估的异常方面的实用性.
主要方法:
- 从内部研究中选择了十个由SOC方法未证实的OGM调用.
- 设计的CRISPRRNA (crRNA) 用于Cas9丰富目标变体.
- 准备了库,并使用MinION/GridION设备进行了测序,用于Cas9导向的LRS.
主要成果:
- 通过使用Cas9-导向LRS的OGM确定了所有10个结构异常.
- 精确地定位OGM断点在OGM估计位置的0.2到5.5kb以内,验证OGM可靠性.
- 重新定义了转基因标签之间的误差,使得更好地判断临床相关性.
结论:
- Cas9定向的LRS有效验证了转基因发现,并完善了白血病中断点的解决方案.
- 这种技术通过澄清检测到的基因组异常的相关性来提高转基因生物的临床实用性.
- Cas9导向的LRS是高级白血病诊断工作流程中包含转基因的有价值和适应性的二次工具.
