使用虚拟查,FMO计算和分子动态模拟发现了一种新的SHP2全抑制剂
Zhen Yuan1, Manzhan Zhang1, Longfeng Chang1
1Shanghai Key Laboratory of New Drug Design, State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, School of Pharmacy, East China University of Science & Technology, Shanghai, China.
Journal of molecular modeling
|April 13, 2024
概括
研究人员使用基于结构的虚拟查方法发现了一种新的SHP2全抑制剂. 这种新化合物显示出开发更强大的SHP2抑制剂用于癌症治疗的前景.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 计算化学计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- SHP2是一种关键的非受体蛋白铁酸酶,参与瘤信号通路.
- 在RAS-ERK,PI3K-AKT,JAK-STAT和PD-1/PD-L1.1等关键级联中,SHP2充当桥梁.
- SHP2的失调与各种癌症有关,使其成为一个重要的治疗点.
研究的目的:
- 通过基于结构的虚拟查策略来识别新型和强大的SHP2抑制剂.
- 开发和验证一种结合分子对接和碎片分子轨道 (FMO) 方法的计算协议,用于预测结合亲和力.
- 发现针对SHP2.2的新型全抑制剂.
主要方法:
- 在大型复合数据库上使用基于层次结构的虚拟选 (Dock-FMO协议).
- 利用分子对接和碎片分子轨道 (FMO) 计算来预测结合亲和力.
- 进行实验验证,包括剂量依赖的抑制试验和分子动力学 (MD) 模拟.
主要成果:
- 码头-FMO协议与实验性结合亲和力 (R2=0.55) 呈现出高相关性,表现优于MM/PBSA和MM/GBSA.
- 确定了一种新的SHP2全抑制剂,具有氧氨基胺基支架 (化合物7188-0011).
- 化合物7188-0011表现出剂量依赖的SHP2抑制和在全位内的稳定结合相互作用.
结论:
- 该研究成功地使用高效的虚拟查方法确定了一种新的SHP2全抑制剂.
- 经过验证的Dock-FMO协议提供了一种可靠的方法来发现蛋白质抑制剂.
- 这种已识别的化合物可以作为开发下一代SHP2向癌症治疗的有希望的起点.


