加利福尼亚州Pipevine,Aristolochia californica Torr的参考基因组组合草案
Samridhi Chaturvedi1,2, Merly Escalona3, Mohan P A Marimuthu4
1Department of Ecology and Evolutionary Biology, Tulane University, New Orleans, LA 70118, United States.
The Journal of heredity
|April 15, 2024
概括
一个新的染色体层次的基因组组装为加利福尼亚管道 (Aristolochia californica) 被创建. 这种资源有助于研究这种植物及其专家蝶草食动物的共同进化.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 植物学 植物学
背景情况:
- 加利福尼亚管 (Aristolochia californica) 是加利福尼亚的特有物种.
- 它的范围与其专业的食草动物,Pipevine Swallowtail蝶 (Battus philenor hirsuta) 相重叠.
- 这种共同进化系统的基因组资源以前是有限的.
研究的目的:
- 为了生成一个高质量的,染色体层次的基因组组装阿里斯托洛奇亚加利福尼亚.
- 提供必要的基因组数据,用于研究植物-食草动物共同进化.
- 为了支持加利福尼亚州的保护基因组学努力.
主要方法:
- 利用太平洋生物科学HiFi长读数进行测序.
- 使用Hi-C染色体近距离测序用于基因组组装.
- 遵循了加利福尼亚保护基因组学项目 (CCGP) 建立的测序和组装策略.
主要成果:
- 制造了任何阿里斯托洛基亚物种的第一个de novo基因组组.
- 该组件由531个脚手架组成,总计661 Mb.
- 实现了6.53 Mb的高密度N50,42.2 Mb的脚手架N50,以及98%的BUSCO完整性.
结论:
- 现在可以获得A. californica的染色体级基因组组合.
- 这种资源与B. philenor hirsuta基因组一起,将促进共同进化研究.
- 这是理解在加州不断变化的环境中的适应的一个有价值的工具.
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