优化和评估SARS-CoV-2快速诊断测试的病毒基因组测序:实验室和队列研究
Jillian S Paull1, Brittany A Petros2, Taylor M Brock-Fisher3
1Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA, USA; Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA.
The Lancet. Microbe
|April 15, 2024
概括
快速诊断测试 (RDT) 抹布为SARS-CoV-2基因组监测和疫情调查提供了PCR抹布的可行替代方案,使有效的病毒测序和传播链路识别成为可能.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组监测 基因组监测
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 从快速诊断测试 (RDTs) 中恢复病原体基因组的标准化方法尚未得到开发.
- RDT测序可以增强病毒基因组监测和疫情调查.
- 从RDT组件中优化遗传物质的化是至关重要的.
研究的目的:
- 为了优化从RDT组件中的遗传物质的化.
- 评估RDT测序对疫情调查的有效性.
- 为了将RDT衍生序列与PCR扫描进行SARS-CoV-2监测.
主要方法:
- 实验室研究优化了使用非活化的SARS-CoV-2的RDT侧流条的化.
- 缓冲器类型,化时间和旋转对PCR周期值 (Ct) 的测量影响.
- 从个体中收集RDTs和PCR抽样,并设置疫情以进行测序.
主要成果:
- 缓冲器AVL和Tris-EDTA缓冲器显示了相当的化性能.
- RDT片的性能与PCR片相似 (平均Ct差异4.1),而RDT片的性能较差 (平均Ct差异10.2).
- 超过80%的完整的SARS-CoV-2基因组从12/17个RDT衍生抽样中组装在一起,从而能够识别传播链接.
结论:
- 来自RDT的拭子是用于SARS-CoV-2基因组监测的PCR拭子的实用替代品.
- 与PCR抽样相比,RDT侧流条提供了准确的,但较少的病毒读数.
- 负RDTs的元基因组测序可以识别潜在的致病病毒.
