在养殖场调查子病毒感染:分子检测,植物遗传分析和全基因组分析
Xiaobo Li1,2,3, Shujing Wang4,5,6, Wei Li4,5,6
1Institute of Laboratory Animal Resources, National Institutes for Food and Drug Control, Beijing, 102629, People's Republic of China. lxb8493059@163.com.
BMC genomics
|April 15, 2024
概括
pigeon circovirus (PiCV) 在北京的实验中广泛存在并具有遗传多样性. 这种广泛的PiCV感染需要评估其对实验结果的影响.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 在全球范围内,在子 (Columba livia domestica) 中报告了子循环病毒 (PiCV) 感染.
- 作为实验动物使用的子最好是无PiCV的.
- 缺乏明确的指导方针来采购实验有助于潜在的PiCV传播.
研究的目的:
- 调查用于实验用途的子中PiCV感染的流行率和遗传特征.
- 评估在北京子养殖场发现的PiCV菌株中的遗传多样性和重组潜力.
主要方法:
- 从40只感染的子中对PiCV进行全基因组测序.
- 病毒基因组和基因的核酸和氨基酸同质分析 (cap, rep).
- 遗传学分析以确定菌株相关性和识别重组事件.
主要成果:
- 在所有40只子中,PiCV感染在多种组织类型中得到证实.
- 测序了29个全长PiCV基因组,在菌株和参考序列 (82.7-98.9%) 之间显示出高同质性 (85.8-100%).
- 在帽子基因中显著的遗传多样性以及在18个PiCV菌株中检测到13个重组事件,分为四个分类 (A,B,C,D).
结论:
- 在来自北京的实验子中,PiCV感染非常普遍且具有遗传多样性.
- 在PiCV菌株中观察到的遗传变异性和重组是令人担忧的.
- 当使用子作为动物模型时,评估PiCV感染对实验结果的影响至关重要.
