来自Pectobacterium atrosepticum殖民土豆或卜根的总mRNA序列数据集

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 微生物生态学 微生物生态学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 菌 (Pectobacterium atrosepticum) (Pba) 是导致重要的土豆疾病,如黑腿和软腐烂.
• Pba还可以无症状地殖民于非宿主植物,如卜.
• 了解不同的宿主-病原体相互作用对于疾病管理和农业可持续性至关重要.

研究的目的:

• 研究Pba-马 (宿主) 和Pba-卜 (非宿主) 相互作用中的分子机制和基因表达模式.
• 为了比较Pba,土豆和卜在这些相互作用期间的转录反应.
• 确定关键的基因和涉及植物微生物通信的途径.

主要方法:

• 利用使用总mRNA测序的终点双转录组方法.
• 在水培养中培养的土豆 (Solanum tuberosum) 和油卜 (Raphanus sativa) 根中注射Pba SCRI1039.
• 从细菌和植物根中提取总RNA,然后在Illumina NovaSeq 6000TM平台上对结末序列.

主要成果:

• 每个样本生成39.2-58.1万个高质量的读数.
• 映射读取参考基因组以计算细菌和植物转录的百分比.
• 该数据集提供了原始读取的fastq文件,详细介绍了根球-微生物相互作用中的基因活性.

结论:

• 该研究为Pba-主机和Pba-非主机相互作用提供了全面的转录组数据集.
• 这些数据可以阐明Pba的致病性和无症状殖民的分子基础.
• 这些发现有助于理解树层中的植物微生物动态.