高多重反转录循环介导的同热放大和纳米孔测序 (LAMPore) 用于基于废水的监测
Seju Kang1,2, Petra Choi1,2, Ayella Maile-Moskowitz1,2
1Department of Civil and Environmental Engineering, Virginia Tech, Blacksburg, Virginia 24061, United States.
ACS ES&T water
|April 18, 2024
概括
基于废水的监测有效地使用了一种新的LAMPore试验,用于早期检测SARS-CoV-2. 这种方法可以准确地识别废水样本中的病毒及其变体.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的监测 (WBS) 是监测传染病和提供早期疫情预警的宝贵工具.
- 在废水中准确和快速检测像SARS-CoV-2这样的病原体对于公共卫生至关重要.
- 现有的方法可能需要复杂的实验室基础设施或缺乏高通量能力.
研究的目的:
- 开发和验证一种高度多重化的检测方法,用于在废水中检测SARS-CoV-2,使用同热放大和纳米孔测序.
- 与既有方法相比,评估新型LAMPore试验的灵敏度和特异性.
- 通过序列变异分析调查检测SARS-CoV-2变种的潜力.
主要方法:
- 反转录环介导同热放大 (RT-LAMP) 的应用,针对SARS-CoV-2 N基因.
- 纳米孔测序与快速条形码集成,用于96个样本的高通量多重分析.
- 开发SARS-CoV-2检测和序列变异概况的标准.
主要成果:
- LAMPore试验与基于PCR的检测具有很高的一致性,达到89%的灵敏度和83%的特异性.
- 该方法在废水样本中成功检测到SARS-CoV-2.
- 序列变异分析发现了突变,表明了追踪病毒变异的潜力.
结论:
- LAMPore测试是促进基于废水的SARS-CoV-2监测的一个有希望的工具.
- 这种方法可以在废水中进行高效的多重检测和变异监测.
- 这些发现支持LAMPore对早期预警系统的实用性,以及对社区病原体演变的理解.
