基于R的扫描 (gatoRs):用于处理生物多样性数据的R包和工作流
Natalie N Patten1,2, Michelle L Gaynor3,4, Douglas E Soltis3,4
1Department of Mathematics University of Florida Gainesville 32611 Florida USA.
Applications in plant sciences
|April 19, 2024
概括
新的R包 gatoRs简化了从GBIF和iDigBio等来源获取和清理生物多样性数据. 这种工具使生物多样性数据处理对研究人员和教育工作者来说更加有效.
科学领域:
- 生物多样性信息学 生物多样性信息学
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 数据科学是数据科学.
背景情况:
- 数字化生物多样性数据丰富,但难以获取和清洁.
- 数据清理的复杂性包括识别和删除有问题的记录.
研究的目的:
- 为了简化生物多样性数据采集和清理,引入R包 gatoRs.
- 为处理来自主要生物多样性数据库的标本记录提供一个用户友好的工具.
主要方法:
- 开发了R包 gatoRs,其功能是从全球生物多样性信息设施 (GBIF) 和综合数字化生物收集 (iDigBio) 下载数据.
- 实现了用于清理下载样本记录的功能,考虑到GBIF和iDigBio之间的结构差异.
- 包括交互式清洁步骤用于用户控制.
主要成果:
- gatoRs提供了一个统一的工作流来下载和清理生物多样性数据.
- 该软件包处理GBIF和iDigBio数据下载之间的结构差异.
- 交互式清洗选项为用户提供了对数据处理的增强控制.
结论:
- gatoRs包为科学界促进生物多样性数据的高效处理.
- 它是R编码新手可以访问的,对新手和经验丰富的用户都是有益的.
- gatoR可以帮助教学生物多样性概念,使用草本馆样本数据.
关键词:
在GBIFGBIF的基础上,我们可以基础 清洁 基础 清洁生物多样性数据下载草本植物 (herbaria) 是一种草本植物.在 iDigBio 里面.地方清洁 地方清洁空间纠正的空间纠正分类统一的税法协调.更多相关视频
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