在与宿主相关的微生物群体中整合生物知识以进行机械推理
Brook E Santangelo1, Madison Apgar1, Angela Sofia Burkhart Colorado1
1Department of Biomedical Informatics, University of Colorado School of Medicine, Aurora, CO, United States.
Frontiers in microbiology
|April 19, 2024
概括
本综述调查了用于整合微生物和宿主数据以了解疾病机制的计算资源. 它解决了知识基础创建和利用的挑战,以更好地了解微生物群.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 主体-微生物相互作用
背景情况:
- 高通量技术推动了对微生物群落在人类健康和疾病方面的研究.
- 众多资源现在将微生物特征,功能和代谢潜力与影响疾病表型的宿主途径合成.
- 这些综合的知识库可以为观察到的微生物群落与疾病之间的相关性提供机械解释.
研究的目的:
- 调查现有的计算资源和方法,以整合微生物和宿主知识.
- 根据访问方法,内容和源特性来评估这些知识库.
- 讨论创建和利用这些知识库所面临的挑战.
主要方法:
- 审查现有的文献和数据库.
- 评估知识库的可访问性,内容和源特性.
- 识别命名,本体学/分类学基础和数据结构方面的挑战.
主要成果:
- 进行了对当前资源的调查,以整合微生物和宿主知识.
- 发现的关键挑战包括不一致的命名法,缺乏标准化的本体学和有限的可访问性.
- 为知识源映射提供了一个代码和数据库.
结论:
- 解决知识库创建和利用方面的挑战对于开发有效工具至关重要.
- 对现有信息的系统和公正的探索可以为疾病中的微生物机制提供新的见解.
- 改善微生物和宿主知识的整合将促进我们对微生物组在健康和疾病中的作用的理解.
