通过基因组测序,同时检测和描述废水中常见的呼吸道病原体
Rachel C Williams1, Kata Farkas1, Alvaro Garcia-Delgado1
1School of Environmental and Natural Sciences, Bangor University, Bangor, Gwynedd LL57 2UW, UK.
Water research
|April 20, 2024
概括
废水基因组监测可以全年检测出38种呼吸道病毒,为公共卫生做好准备提供信息. 将RT-qPCR和下一代测序相结合,可以提供准确的量化和低丰度病原体检测,用于早期爆发警告.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生基因组学
背景情况:
- 对SARS-CoV-2的基因组监测为病毒演变和流行病学提供了洞察力.
- 扩大对废水中的多种呼吸道病原体的监测可以提高对流行病的准备.
研究的目的:
- 检查城市废水中38种呼吸道病原体的数量和季节性.
- 为了比较RT-qPCR和下一代测序对特定呼吸道病毒的检测灵敏度.
主要方法:
- 针对性诱捕获和短读测序 (Illumina呼吸道病毒Oligos面板; RVOP) 用于废水样本.
- 从废水处理厂和医院的季节性采样与全基因组测序相结合.
- 对于选定的病毒,RT-qPCR与下一代测序的检测灵敏度进行了比较.
主要成果:
- 在废水中全年检测到38种呼吸道病原体的低含量.
- 与夏季采样事件相比,冬季观察到更高的病原体多样性.
- 原始流入样本的检测结果显著高于经过处理的废水样本的检测结果.
结论:
- 废水基因组监测有效地检测出常见的呼吸道病原体,有助于基于废水的流行病学.
- 结合RT-qPCR和基因组测序,可以准确量化和检测低丰度病原体.
- 这种方法为监测季节性趋势和为公共卫生干预提供病毒循环的早期预警信号提供了有价值的工具.
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