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Updated: Jun 28, 2025

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications
Published on: November 19, 2013
无法访问的基因组对基因型归算和全基因组关联研究的影响
Eva König1, Jonathan Stewart Mitchell1, Michele Filosi1
1Institute for Biomedicine (affiliated to the University of Lübeck), Eurac Research, Via Volta 21, Bolzano 39100, Italy.
下一代测序 (NGS) 无法访问的基因组区域在基因型化芯片和归算面板中代表性不足,导致全基因组关联研究 (GWAS) 的偏见. 这种系统偏见影响了变体发现和关联分析在这些难以测序的基因组领域.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 人口遗传学 人口遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因型归算对于全基因组关联研究 (GWAS) 至关重要,它依赖于下一代测序 (NGS) 数据.
- 在某些基因组区域内,NGS技术本质上限制了测序,称为不可访问的区域.
- 这些难以进入的地区对GWAS发现的影响尚未被彻底评估.
研究的目的:
- 通过基因型化芯片,归算面板,GWAS结果和变异数据库系统评估无法进入地区变异的不足.
- 量化位于这些难以进入的基因组区域内的基因比例.
- 评估不同变异面具 (1000基因组项目,TOPMed) 对这些评估的影响.
主要方法:
- 系统分析难以进入地区的变种分布,使用基因型识别芯片,归算参考面板和变种数据库的数据.
- 基于定义的变异面罩,计算无法进入区域内的基因比例.
- 使用南蒂罗尔的合作健康研究 (CHRIS) 研究的案例研究来检查一个无法进入地区的协会.
主要成果:
- 在所有分析的数据集中,在不可访问的区域持续观察到较少的变异.
- 根据变异面具,4%-17%的基因型变异落入了难以进入的区域.
- 发现52到581个基因几乎完全无法访问,突出显示了重要的覆盖差距.
结论:
- 基因型定型,NGS,基因型归因和下游分析 (如GWAS) 系统地偏向于无法访问的基因组区域.
- 这些地区的遗漏变异和虚假关联可能导致不准确的遗传发现.
- 提供了一个在线应用程序,以帮助研究人员评估基因和变异可访问性.
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