基于转录组和DNA甲基化的细胞类型解卷产生了差异性基因表达和差异性甲基化的类似估计

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 周围血液单核细胞 (PBMC) 对于免疫学研究至关重要.
• PBMC细胞类型比例的变化可以显著影响差异性基因表达和DNA甲基化分析.
• 准确的细胞类型解卷对于可靠地解释PBMCs的omics数据至关重要.

研究的目的:

• 调查从转录组学与甲基组学衍生出的细胞类型比例对差异分析的影响.
• 为了比较转录组和甲基组解卷方法对差异表达基因 (DEGs) 和差异甲基化位置 (DMPs) 估计的影响.

主要方法:

• 从肯尼亚儿童 (n=8) 在非复杂疟疾期间的多个时间点获得PBMC RNA和DNA.
• 使用Cibersortx进行转录组分解和IDOL进行甲基组分解.
• 使用细胞类型调整模型检测到DEG和DMP.

主要成果:

• 对于大多数主要细胞类型和主要成分,转录组和甲基组解卷方法之间的中等至高相关性 (r=0.60-0.96) 已被证明.
• 发现细胞类型比例,DEG和DMP的估计在两个解卷方法之间基本一致.
• 在估计中性粒细胞比例的方法之间发现了最大的差异.

结论:

• 对大多数细胞类型的PBMC中,转录组和甲基组解卷方法捕获了类似的细胞类型变异.
• 选择解卷方法 (转录组与甲基组) 对DEG和DMP的估计的影响最小.
• 这些发现支持在PBMC研究中使用转录组或甲基组数据进行细胞类型解的可靠性.