MutationExplorer:一种用于蛋白质突变和能量影响3D可视化的网络服务器
Michelle Philipp1, Christopher W Moth2, Nikola Ristic3
1Image and Signal Processing Group, Department of Computer Science, Leipzig University, Augustusplatz 10, 04109 Leipzig, Germany.
Nucleic acids research
|April 22, 2024
概括
MutationExplorer是一个网络服务器,可视化蛋白质突变如何影响稳定性和功能,使用3D结构. 它允许用户输入序列变化并分析预测的能量转移,以更好地理解蛋白质变异.
科学领域:
- 结构生物学是结构生物学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算化学是一种计算化学.
背景情况:
- 了解蛋白质突变效应需要3D结构上下文.
- 之前对蛋白质变体的分析通常依赖于桌面应用程序.
研究的目的:
- 介绍MutationExplorer,一个用于分析突变对蛋白质结构和功能影响的网络服务器.
- 为用户提供一个有效的平台来研究蛋白质变异.
主要方法:
- MutationExplorer 网络服务器将序列变化映射到蛋白质的3D结构上.
- 它使用Rosetta进行所有建模步骤,并使用MDsrv/Mol*进行可视化.
- 支持各种输入格式,包括每残留变化,完整序列替换和VCF格式的人类单核酸多态 (SNP).
主要成果:
- 用户可以在输入变体时可视化演变的3D模型,并突出显示估计的能量变化.
- 该工具可以将PDB结构反向突变为野生类型序列.
- 结构可以通过能量差异,疏水性,序列保存或接口分数灵活地进行色化.
结论:
- MutationExplorer提供了一种有效且易于使用的方法来研究蛋白质变异及其对稳定性和功能的影响.
- 网络服务器将序列变化分析与3D结构可视化集成在一起.
- 提供对突变对结合表面和总体蛋白质行为的影响的见解.
