在PLC/PRF/5细胞系中对HBV整合,转录调节和表观遗传修饰进行多omics全景分析
Guiwen Guan1, Abudurexiti Abulaiti2, Chenxiao Qu1
1Department of Microbiology & Infectious Disease Center, School of Basic Medical Sciences, Peking University, Beijing, China.
Journal of medical virology
|April 22, 2024
概括
沉默集成的乙型肝炎病毒 (HBV) DNA是功能治愈的关键. 这项研究表明,HBV DNA转录受其促进体,甲基化和PLC/PRF/5细胞中的基因组修饰的调节.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 慢性乙型肝炎 (CHB) 的功能治愈需要清除或沉默集成的HBV DNA.
- 集成的HBVDNA对肝细胞癌的发展构成风险.
- PLC/PRF/5细胞系是研究HBV整合的常见体外模型.
研究的目的:
- 综合性地描述HBV在PLC/PRF/5细胞中的整合,使用多omics技术.
- 阐明整合HBV DNA的转录调节机制.
主要方法:
- 长读RNA测序 (ONT) 用于对HBV DNA整合部位的转录分析.
- 全基因组双硫酸盐测序 (WGBS),ChIP-seq和ATAC-seq用于表观遗传调节分析.
- 多omics数据集成,以了解转录控制.
主要成果:
- 在不同的HBV DNA整合部位观察到显著的转录变异,在chr11,chr13和t{13}: 5中转录更高.
- 集成的HBV DNA转录启动下游的SP1,SP2或XP促销器.
- 综合HBVDNA的甲基化强度与转录有负相关;AzaD治疗增加了转录,特别是在甲基化chr17整合部位.
- 历史蛋白修饰 (H3K4me3,H3K9me3) 与集成的HBV DNA转录有关,而染色体可访问性显示影响有限.
结论:
- 集成的HBVDNA转录在PLC/PRF/5细胞中受其内部促进体 (SP1,SP2,XP) 的影响.
- 宿主染色体甲基化水平和组织素修饰在调节集成HBV DNA转录中起着至关重要的作用.
- 这些发现提供了关于HBV DNA的表达和调节机制的见解,这对于CHB功能治愈策略至关重要.
