三个病毒核酸预放大管道的比较,用于污水病毒转基因组学
Xavier Fernandez-Cassi1,2, Tamar Kohn3
1Laboratory of Environmental Chemistry, School of Architecture, Civil and Environmental Engineering, École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Vaud, Lausanne, Switzerland. x.fernandez-cassi@ub.edu.
Food and environmental virology
|April 22, 2024
概括
为疾病监测优化病毒转基因组学协议至关重要. 一个RNA特定的预增强管道增强了污水中RNA病毒的检测,这表明它对公共卫生监测的实用性.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 病毒转基因组学为在城市污水中检测人类病毒提供了潜力.
- 为了有效的疾病监测应用,目前的协议需要改进.
研究的目的:
- 为了评估病毒基因组测序的三个预放大管道 (RNA,DNA或两者).
- 评估病毒恢复率和样本矩阵对测序的影响.
- 为了确定污水中的病毒转基因组学的半定量潜力.
主要方法:
- 研究了三条预放大管道,使用酸盐缓冲盐水 (PBS) 和污水样本.
- 使用定量逆转录聚合酶链反应 (qRT-PCR) 进行量化病毒恢复.
- 评估了非病毒遗传物质对病毒基因组覆盖范围的影响.
主要成果:
- 特定于RNA的管道表现优于在污水中检测RNA病毒的通用管道.
- 特定于DNA的管道在检测哺乳动物DNA病毒方面没有改善.
- 与PBS (23.4%) 相比,污水中的病毒恢复率较低 (11.0%).
- 污水矩阵对病毒基因组覆盖有负面影响,而度与测序读数相关.
结论:
- 特定于RNA的预增强管道增强了用于监控的污水中的RNA病毒检测.
- 污水中非病毒性遗传物质的存在会影响测序效率.
- 病毒转基因组学可以为环境样本中的病毒检测提供半定量数据.


