大西洋鱼肝脏的基因组调节景观通过雾化

科学领域:

• *比较基因组学和表观基因组学
• * 分子和发育生物学
• * 鱼类生理学和适应性

背景情况:

• * 雾化是无人鱼类适应海洋环境的关键生理变化.
• * 众所周知,像光周期这样的环境线索会影响雾化,特别是的重塑.
• *光周期和调节机制在雾化过程中肝脏代谢变化的作用在很大程度上仍未被探索.

研究的目的:

• * 为了研究光周期在大西洋鱼化过程中对肝脏基因调节的影响.
• * 阐明基因组调节过程,包括染色质可访问性和DNA甲基化,是肝中代谢转变的基础.
• * 了解鱼肝脏的预适应性代谢重塑,以适应未来的海上生活.

主要方法:

• *从鱼肝脏中生成转录组,DNA甲基化和染色质可访问性数据.
• *对基因表达模式的分析,重点关注代谢和能量平衡途径.
• *整合多主题数据以确定关键的转录因素和监管元素.

主要成果:

• *在雾化过程中肝脏基因表达的显著变化,包括降低脂质代谢基因和增加氧化酸化基因.
• *光周期史在海水转移之前没有显著影响肝脏基因表达,与研究不同.
• *染色体可访问性和转录因子结合动态,特别是涉及ZNF682,KLF和NFY,与基因表达变化和代谢转变有很强的相关性.
• *观察到不同的DNA甲基化模式,但与基因表达变化没有显著的相关性.

结论:

• *在雾化过程中肝脏的新陈代谢改造是海洋生物的关键预适应.
• * 染色体重塑和转录因子活性在调节这些代谢变化方面发挥着主导作用.
• *与部发育不同的是,鱼肝雾化代谢重编程在很大程度上独立于光周期史.