从以乙醇或溶解缓冲体中运输的哺乳动物便样本中比较DNA数量和质量
Néstor Roncancio-Duque1, Jeison Eduardo García-Ariza1, Nelson Rivera-Franco2,3
1Facultad de Ciencias Agropecuarias, Grupo de Investigación en Diversidad Biológica, Universidad Nacional de Colombia, Sede Palmira, Colombia.
One health (Amsterdam, Netherlands)
|April 24, 2024
概括
溶解缓冲器有效地保存哺乳动物便样本用于微生物分析,产生比乙醇更高的DNA数量和质量. 这确保了微生物组研究的可靠结果,即使在长期储存后.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 生态生态学 生态生态学
背景情况:
- 便微生物群体分析对于了解野生动物健康,饮食和环境相互作用至关重要.
- 准确的微生物组概况依赖于适当的便样本保存.
- 评估保存方法对于可靠的分子数据至关重要.
研究的目的:
- 为了比较溶解缓冲剂与乙醇在保存哺乳动物便样本方面的有效性.
- 评估DNA产量,质量,完整性和微生物社区结构.
- 为了确定长期储存的最佳保存方法.
主要方法:
- 收集了18对哺乳动物便样本,保存在乙醇或溶解缓冲器中.
- 进行DNA提取和牛津纳米孔安普利康测序 (16S和18SrRNA基因).
- 分析了DNA产量,A260/280比率,通过电泳检测的安普利康完整性,以及测序读数.
主要成果:
- 与乙醇相比,溶解缓冲剂显著增加了总DNA和安普利康度 (高达3倍) 和测序读数.
- 电泳证实了在溶解缓冲器保存的样本中优越的DNA完整性.
- 溶解缓冲剂产生了最佳的DNA纯度 (平均A260/280: 1.92) 与低分散,而乙醇显示较高的分散 (SD: 1.10).
结论:
- 溶解缓冲器是一种优质的试剂,用于收集,保存和储存哺乳动物便样本进行分子研究.
- 用溶解缓冲器保存确保更高的DNA产量,质量和完整性,可用于可靠的微生物组分析.
- 这一发现支持了野生动物研究中强大的微生物社区概况.
