MammalMethylClock R包:用于哺乳动物基于DNA甲基化的表观遗传钟的软件
Joseph Zoller1, Steve Horvath1,2,3
1Department of Biostatistics, Fielding School of Public Health, University of California, Los Angeles, CA, 90095, United States.
Bioinformatics (Oxford, England)
|April 24, 2024
概括
我们开发了MammalMethylClock,这是一个R包,用于构建和使用哺乳动物的表观遗传钟. 该工具通过分析DNA甲基化模式来预测年龄和死亡风险,有助于物种保护和临床前研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 保护生物学 保护生物学
背景情况:
- 基于DNA甲基化的表观遗传时钟是预测年龄和死亡风险的强大工具.
- 这些生物标志物在物种保护和临床前研究中具有重要应用.
研究的目的:
- 推出MammalMethylClock,这是一个R包,用于在哺乳动物物种中创建,评估和应用表观遗传时钟.
- 为研究人员提供一个用户友好的工具,以利用现有的哺乳动物表观遗传钟.
主要方法:
- 一个R包的开发,哺乳动物甲基钟.
- 从哺乳动物甲基化联盟 (Mammalian Methylation Consortium) 加入用于实施现有的哺乳动物时钟的实用程序.
- 为可访问性提供源代码,文档和时钟系数文件.
主要成果:
- 哺乳动物MethylClock包方便了哺乳动物表观遗传钟的构建和评估.
- 它使得已建立的哺乳动物时钟的应用成为可能,支持各种研究需求.
- 该包随时可用,包括全面的文档和数据文件.
结论:
- 哺乳动物MethylClock为推进哺乳动物物种表观遗传钟研究提供了宝贵的资源.
- 通过提供强大的年龄和死亡率预测工具,R包支持保护生物学和临床前研究中的应用.
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