综合生物信息学和机器学习分析确定ACADL是反应性介质细胞的强有力的生物标志物
Yige Yin1, Qianwen Cui2, Jiarong Zhao3
1School of Basic Medical Sciences, Anhui Medical University, Hefei, China; Anhui Province Key Laboratory of Medical Physics and Technology, Institute of Health and Medical Technology, Hefei Institutes of Physical Science, Chinese Academy of Sciences, Hefei, China.
The American journal of pathology
|April 24, 2024
概括
鉴定生物标志物来区分反应性间皮细胞与恶性间皮瘤至关重要. 长链乙-CoA脱酶 (ACADL) 显示出强大的潜力,作为反应性介质细胞的特定标记物,有助于差异诊断.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物标志物发现发现
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 区分反应性间皮细胞与恶性间皮瘤细胞是具有挑战性的,因为相似的形态.
- 准确的差异诊断对于适当的患者治疗和管理至关重要.
研究的目的:
- 识别和验证新型生物标志物,以区分中细胞与中瘤细胞.
- 为了利用机器学习和免疫组织化学来发现生物标志物.
主要方法:
- 来自多个基因表达综合 (GEO) 数据集 (GSE2549,GSE12345,GSE51024) 的综合基因表达数据.
- 采用机器学习算法 (LASSO,SVM-RFE,随机森林) 来识别差异表达的基因.
- 在独立数据集 (GSE42977,GSE112154) 和通过免疫组织化学验证的候选标记物 (ACADL,EMP2,GPD1L,HMMR) 中.
主要成果:
- 确定了四种共享的候选标记物:ACADL,EMP2,GPD1L和HMMR.
- 实现了高诊断性能,曲线下的面积 (AUC) 值在0.943至0.976之间,用于区分正常的间皮细胞和间皮瘤.
- 在独立数据集中验证了ACADL,GPD1L和HMMR的一致性能.
- 免疫组织化学证实,ACADL在反应性介质细胞中表达强烈,但在恶性介质瘤细胞中表达负面.
结论:
- 长链乙烯基-CoA脱酶 (ACADL) 是反应性超性介质细胞的一个有前途的特定生物标志物.
- ACADL可以帮助对间皮瘤的差分诊断,提高诊断准确度.
