INSAFLU-TELEVIR:一个开放的基于Web的生物信息套件,用于病毒转基因组检测和常规基因组监测

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.
• 病毒学 病毒学

背景情况:

• 临床元基因组学和病原体基因组监测面临挑战,因为生物信息学工具和专业知识有限.
• INSaFLU是一个基于网络的平台,用于下一代病毒测序数据分析,此前已开发来应对这些挑战.
• 这项研究扩大了INSaFLU的基因组监测能力,并引入了用于元基因组病毒识别的TELEVIR.

研究的目的:

• 加强INSaFLU平台的基因组监测组成部分.
• 开发一个新的模块,TELEVIR,用于转基因组病毒识别.
• 为公共卫生和动物卫生实验室提供面向用户的泛病毒生物信息学框架.

主要方法:

• 加强INSaFLU的常规基因组监测新的工作流程,包括基于参考组装牛津纳米孔 (ONT) 数据,自动SARS-CoV-2血统分类,Nextclade和Nextstrain分析.
• 通过对最先进的元基因组学软件进行基准测试,并结合各种分类工具和数据库,开发了用于病毒检测的TELEVIR模块.
• 推出findONTime在ONT运行期间实时检测病毒,以减少成本和诊断时间.

主要成果:

• 增强的INSaFLU包括Illumina和ONT数据的管道,多种病毒的Nextclade,Nextstrain生物地理分析,以及用于突变查的algn2pheno.
• TELEVIR模块支持复杂的元基因组工作流程,具有多种软件和数据库选项,生成面向用户和诊断的报告.
• findONTime工具是为了在ONT测序过程中加快病毒检测而开发的.

结论:

• INSaFLU-TELEVIR平台为病毒转基因组检测和基因组监测提供了一个可访问,多功能和功能性的框架.
• 预计它将在公共和动物卫生环境中加强及时的病毒检测和分析.
• 该平台与Illumina,Ion Torrent和ONT数据兼容,在线和GitHub上免费使用.