首个转录组测序,组装和注释数据集用于淡水天使鱼,Pterophyllum scalare
1BioCurious, 3108 Patrick Henry Dr, Santa Clara, CA 95054, United States.
Data in brief
|April 25, 2024
概括
本研究介绍了天使鱼 (Pterophyllum scalare) 的第一个转录组组件草案,这是一种与面发育研究相关的鱼. 新的遗传数据增强了对发育生物学和先天性异常的理解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 发展生物学 发展生物学
- 比较解剖学的比较解剖学
背景情况:
- 类动物表现出与人类发育和先天性异常相关的多种面变异.
- 对于大多数类物种,遗传信息有限,这阻碍了研究.
- 天使鱼 (Pterophyllum scalare) 缺乏一个转录组草案,限制了遗传研究.
研究的目的:
- 为了生成Pterophyllum scalare的第一个转录组组合和注释草案.
- 提供有价值的遗传资源,用于研究鱼头骨面部发育.
- 提高对发育生物学和先天性异常的洞察力.
主要方法:
- 长读 天使鱼总RNA的纳米孔测序.
- 对转录组组装和对公共数据库进行注释的生物信息分析.
- 使用BUSCO (基准测量通用单拷贝正统学术) 评估转录组的完整性.
主要成果:
- 产生了2300万次序读数 (21.9 Gb),平均读长为938 bp.
- 组装了一个由98,125个转录体 (N50长2277bp) 组成的转录体草案.
- 通过BUSCO实现了80.5%的完整性;识别了信号传导,代谢和转录中的途径.
结论:
- 这项工作提供了Pterophyllum scalare的第一个转录组草案,这是一个重要的遗传资源.
- 有注释的转录组有助于未来对天使鱼面发育和相关异常的研究.
- 这些发现有助于更广泛地了解虫生物学和脊椎动物的发育模式.


