[基于下一代测序和预防等位基脱落策略的HLAII类等位基的多态性分析]
Su-Qing Gao1, Zhan-Rou Quan2, Yan-Ping Zhong2
1Institute of Transfusion Medicine, Shenzhen Blood Center, Shenzhen 518025, Guangdong Province, China.E-mail: gaosuqing1@163.com.
Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
|April 25, 2024
概括
下一代测序 (NGS) 在深汉族群中准确检测人类白细胞抗原 (HLA) 类II等位基因. 实施质量控制措施至关重要,以防止HLA基因型定型过程中的等位基因脱落事件.
科学领域:
- 免疫遗传学 免疫遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 准确的人类白细胞抗原 (HLA) 基因定型对于移植和疾病关联研究等临床应用至关重要.
- 下一代测序 (NGS) 提供了高分辨率的HLA类型,但像等位基因脱落这样的潜在局限性需要调查.
研究的目的:
- 评估NGS在深汉族群中检测人类白细胞抗原 (HLA) II类多态性 (HLA-DRB1,DQB1,DQA1,DRB3,DRB4,DRB5,DPA1,DPB1) 的准确性.
- 为了确定在常规NGS期间潜在的HLA-DRB1等位基因脱落的原因.
- 建立一个内部质量控制系统,用于HLA基因型鉴定.
主要方法:
- 用NGS (MiSeqDx平台) 对1012个样本进行了人类白细胞抗原 (HLA) II类基因定型.
- 使用PCR-SSOP或PCR-SBT方法证实了疑似遗漏的等位基和HLA-DRB1同位基.
- 开发并实施了内部质量控制系统.
主要成果:
- 在研究的HLA位点中共检测到139个等位基因.
- 在深汉族群中确定了最常见的等位基因,并指出了HLA-DRB1,DRB3,DRB4,DRB5,DQA1,DQB1,DPA1和DPB1.1的特定频率.
- 通过PCR-SBT确定并确认了一例HLA-DRB1等位基因脱落,突出显示了NGS在没有质量控制的情况下受到限制.
结论:
- NGS为HLA基因型定型提供了低模两可的方法,揭示了深汉族群中HLAII类等位基因中显著的遗传多态性.
- 基于NGS的HLA类型需要强大的内部质量控制策略来缓解等位基脱落事件并确保临床环境中的准确性.
