在肯尼亚,乌干达和坦桑尼亚牛群中使用元基因组学研究抗菌素耐药性基因
Kauthar M Omar1, George L Kitundu1, Adijat O Jimoh2,3
1Department of Biochemistry and Biotechnology, School of Pure and Applied Sciences, Pwani University, Kilifi, Kenya.
PeerJ
|April 26, 2024
概括
抗菌素耐药性基因在东非牛群中普遍存在,威胁着人类和动物的健康. 基于阅读的元基因组学方法对于在牲畜中检测这些关键的抵抗基因更为敏感.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 抗菌素耐药性 (AMR) 是非洲畜牧业的一个重大挑战,影响动物健康,人类福祉和经济稳定.
- 在东非国家中,小农牛品种中的抗菌素抵抗体存在关键知识差距.
研究的目的:
- 调查肯尼亚,坦桑尼亚和乌干达的牛群中抗菌素耐药性基因 (ARG) 的流行和分布.
- 为了比较基于组装的与基于读取的元基因组管道的效率,以进行抗体特征.
主要方法:
- 利用元基因组学方法分析来自肯尼亚,坦桑尼亚和乌干达的牛便样本.
- 使用SqueezeMeta-Abricate (基于组装的) 管道,并将其与离心机-AMRplusplus (基于读取的) 管道进行比较,以检测ARG.
主要成果:
- 确定了大量具有关键医疗和经济重要性的ARG,包括对卡巴类药物等最后手段药物的耐药性.
- 在研究的种群中检测到共享的ARG,如aph ((6) -id,tet,sul2和cfxA_gen.
- 基于读取的方法在抗体特征表征方面表现出较高的灵敏度和特异性,而不是基于组装的方法.
结论:
- 这些发现突显了东非高度毒性和抗生素耐药性细菌病原体 (ESKAPE) 的循环.
- 进一步的监测和抗体分类对于了解AMR问题的全部范围至关重要.
- 实施有效的牲畜和抗生素使用管理对于缓解AMR和提高生产率至关重要.
