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Updated: Jun 27, 2025
07:50
Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue
Published on: November 21, 2018
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在复杂的人体组织中对10X Chromium与BD Rhapsody全转录组单细胞测序技术进行比较分析
Stefan Salcher1, Isabel Heidegger2, Gerold Untergasser1
1Department of Internal Medicine V, Haematology & Oncology, Comprehensive Cancer Center Innsbruck (CCCI) and Tyrolean Cancer Research Institute (TKFI), Medical University of Innsbruck (MUI), Innsbruck, Austria.
Heliyon
|May 1, 2024
概括
在前列腺癌研究中,将基于滴滴 (10X Chromium) 和基于微波 (BD Rhapsody) 的单细胞RNA测序进行比较,揭示了细胞群体表征和量化中的特定平台偏差.
科学领域:
- 一个单细胞的奥米克.
- 癌症研究 癌症研究
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 瘤微环境 (TME) 在癌症进展中至关重要.
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供了详细的TME分析.
- 不同的scRNA-seq技术具有独特的优势和局限性.
研究的目的:
- 直接比较基于滴滴 (10X Chromium) 和基于微波 (BD Rhapsody) 的scRNA-seq平台.
- 评估平台的性能使用配对的前列腺癌样本.
- 确定细胞群恢复和基因量化中的平台依赖性偏差.
主要方法:
- 从局部性前列腺癌患者的双对样本分析.
- 使用 10X 和 BD Rhapsody 的高通量 scRNA-seq.
- 对转录组数据,细胞种群丰富度和标记基因表达的比较分析.
主要成果:
- 在全转录组分析中具有高度的技术一致性.
- 基于滴滴系统的低mRNA细胞 (例如T细胞) 代表性不足.
- 基于微波的系统显示上皮细胞的恢复减少.
- 在mRNA量化和细胞类型注释中的平台特定变异性.
结论:
- scRNA-seq平台的选择影响了TME细胞群体的代表性.
- 取决于平台的偏见会影响前列腺癌研究中的数据解释.
- 为选择合适的scRNA-seq技术和解释结果提供了指导.
