从医院自来水中获取Mycobacterium immunogenum:基因组和流行病学分析

科学领域:

• 医学微生物学 医学微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染病流行病学 传染病流行病学

背景情况:

• 免疫原菌菌 (Mycobacterium immunogenum) 是一种新兴的机会性病原体.
• 在医院获得的感染给公共卫生带来了重大挑战.
• 管道系统可以容纳和传播水传播的病原体.

研究的目的:

• 在医院调查Mycobacterium immunogenum呼吸道感染的克隆起源.
• 评估临床和环境M. immunogenum分离物之间的遗传相关性.
• 建立基因组标准来区分医院获得的M. immunogenum感染.

主要方法:

• 38个M. immunogenum分离物的全基因组测序 (28个来自研究医院,10个外部对照).
• 单核酸多态 (SNP) 距离和辅助基因组变异的分析.
• 基因组数据与流行病学调查的整合.

主要成果:

• 38个M. immunogenum分离物聚集成三个分类.
• 鉴定出具有较低SNP距离 (<10) 和最小辅助基因组变异 (<0.5%) 的医院分离的独特集群.
• 基因组值 (40个SNP,5%的辅助基因) 有助于识别医院收购,尽管一些无关联的对符合标准.

结论:

• 从医院的水源向患者获得多个M. immunogenum克隆的呼吸道获取证实.
• 基因组分析与流行病学结合,准确地区分了医院获得的M. immunogenum感染.
• 突出了管道系统作为医院获得感染的水库的作用.