登革热Seq:为登革热病毒的一种泛血清型全基因组扩增序列测序协议
Chantal B F Vogels1,2, Verity Hill3, Mallery I Breban3
1Department of Epidemiology of Microbial Diseases, Yale School of Public Health, New Haven, Connecticut, USA. chantal.vogels@yale.edu.
BMC genomics
|May 1, 2024
概括
登革热Seq为所有四种登革热病毒血清型的全基因组测序提供了一种新方法,改善了对这种日益增长的公共卫生威胁的基因组监测和控制策略.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 全球范围内登革热病毒的爆发正在增加,需要加强监测和控制措施.
- 基因组监测对于了解登革热病毒多样性和评估控制战略有效性至关重要.
- 现有的方法需要改进,以满足对登革热病毒基因组数据日益增长的需求.
研究的目的:
- 引入DengueSeq,这是一种新型的片测序协议,用于所有四种登革热病毒血清型的全面全基因组测序.
- 开发和验证针对登革热病毒的血清型特异性和泛血清型原型方案.
- 用各种病毒库存和临床样本评估DengueSeq的性能.
主要方法:
- 开发用于登革热病毒血清型特异性和泛血清型安普利康序列的原始方案.
- 使用基因多样化的登革热病毒库存和具有不同病毒载荷的临床标本验证DengueSeq.
- 评估基因组覆盖范围,检测极限以及与标准图书馆准备套件和测序仪器的兼容性.
主要成果:
- 大多数登革热病毒基因型实现了高基因组覆盖率 (>95%),血清型特异性和泛血清型方法的性能可比.
- 敏感检测极限为10-100个RNA拷贝/μL,用于所有四种血清型的70%基因组覆盖率.
- DengueSeq成功地对具有未知血清型的样本进行测序,在单个样本中检测到多个血清型,并且可以适应各种测序工作流程.
结论:
- 登革热Seq为登革热病毒的全基因组测序提供了一种强大而通用的工具,在各种遗传变异中得到验证.
- DengueSeq的原始程序可以很容易地集成到现有的安普利康测序工作流中.
- 该协议支持扩大登革热病毒基因组监测的全球要求,以告知公共卫生干预.


