一个工作流程,以改进对交叉链接质谱数据的分析,将并行积累-串行碎片化与MeroX和天际线集成
Juan Camilo Rojas Echeverri1,2, Frank Hause1,2,3, Claudio Iacobucci1,2,4
1Department of Pharmaceutical Chemistry and Bioanalytics, Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, 06120 Halle, Germany.
这项研究增强了在timsTOF仪器上使用并行积累串行碎片 (PASEF) 的交叉连接质谱 (XL-MS). 新的以为中心的工作流改善了复杂混合物中交联的识别.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 交联质谱 (XL-MS) 对于研究蛋白质相互作用至关重要.
- 现有的XL-MS方法面临复杂光谱,低丰度和数据采集偏差的挑战.
研究的目的:
- 在timsTOF仪器上实现并行积累-串行碎片化 (PASEF),以进行增强的XL-MS分析.
- 开发一个以为中心的工作流程来分析XL-MS数据,整合数据独立获取 (DIA).
- 为XL-MS数据处理建立一个供应商中立的开源平台.
主要方法:
- 在 timsTOF 工具上使用 PASEF 来获取数据.
- 开发了一个新的工作流程来处理来自PASEF的数据依赖采集 (DDA) 数据.
- 使用Bruker Daltonics软件来转换数据,以便与MeroX和Skyline兼容.
主要成果:
- 从复杂的生物样本中显著改善了交叉链接产品的识别.
- 展示了一种以为中心的方法,用于更强大的XL-MS数据分析.
- 为将DIA集成到XL-MS工作流程奠定了基础.
结论:
- 实现的基于PASEF的工作流克服了XL-MS的当前分析局限性.
- 这种方法提高了使用XL-MS的蛋白相互作用的检测和分析.
- 开发的平台支持更广泛的XL-MS社区克服数据分析的挑战.
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