从带有DRaqL的组织段中获得高质量的单细胞RNA-seq的协议.
Hiroki Ikeda1, Shintaro Miyao1, Nanami Yamada1
1Department of Embryology, School of Medicine, Nara Medical University, Kashihara, Nara 634-8521, Japan.
STAR protocols
|May 4, 2024
概括
这项研究详细介绍了一种新的协议,DRaqL-Smart-seq2,用于从固定组织段中高质量的单细胞RNA测序. 它使单个细胞在其本土组织环境中进行全面的转录分析.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 对于理解细胞异质性至关重要.
- 从组织部分直接分析转录组学提出了技术上的挑战.
- 激光捕获微解剖 (LCM) 便于将特定细胞从组织中分离出来.
研究的目的:
- 提出从固定小鼠卵巢组织段中scRNA-seq的详细方案.
- 为了使通过LCM.隔离的单细胞能够进行高质量的转录基因分析.
- 为固定在酒精和固定在甲素的组织提供可适应的方法.
主要方法:
- 该协议与Smart-seq2.2集成了用于LCM的直接RNA恢复和火 (DRaqL).
- 关键步骤包括细胞溶解,cDNA放大和测序库的准备.
- 使用蛋白酶的可选程序是为素固定的样品提供.
主要成果:
- DRaqL-Smart-seq2协议可以从单细胞中获得高质量的RNA测序数据.
- 该方法是有效的分析从酒精固定小鼠卵巢部分的细胞的转录组.
- 一个适应的协议 (DRaqL-Protease-Smart-seq2) 是适合在甲固定组织.
结论:
- 提出的DRaqL-Smart-seq2协议提供了一种强大的方法,用于固定组织中的LCM分离细胞的单细胞转录学.
- 这种技术增强了研究复杂组织架构中的细胞组成和基因表达的能力.
- 该协议为生殖生物学及其他领域的研究人员提供了宝贵的工具.


