SUDAZFLNC - 一个精心策划和可搜索的在线数据库,用于斑马鱼 lncRNAs,mRNAs,miRNAs和昼夜表达特征
Shital Kumar Mishra1,2, Han Wang1,2
1Center for Circadian Clocks, Soochow University, Suzhou 215123, Jiangsu, China.
概括
研究人员创建了SUDAZFLNC,这是斑马鱼长非编码RNA (lncRNA) 和其他RNA的综合数据库,为生物研究提供了有价值的表达特征和注释.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 斑马鱼 (Danio rerio) 是研究生物过程和疾病的关键模型生物.
- 斑马鱼长非编码RNA (lncRNAs) 的现有注释不完整,阻碍了研究.
- 测序技术的进步增加了斑马鱼 lncRNAs 的识别.
研究的目的:
- 建立一个全面的,基于网络服务器的斑马鱼RNA数据库,包括lncRNA,信使RNA (mRNA) 和microRNA (miRNA).
- 为这些斑马鱼RNAs提供详细的注释和时间过程表达特征.
- 促进对斑马鱼RNA生物学和功能的研究.
主要方法:
- 从已发表的研究和新型RNA测序 (RNA-seq) 分析中收集并策划了28,925个lncRNA.
- 综合序列标识符,长度,编码概率,基因本体学 (GO),基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 注释和微数据.
- 使用RNA-seq实验生成了lncRNAs,mRNAs和miRNAs的时间过程表达特征.
主要成果:
- 建立了SUDAZFLNC,一个包含28925个lncRNA,25432个mRNA和368个miRNA的数据库.
- 包括 3288 个 lncRNA,25432 个 mRNA 和 342 个 miRNA 的详细注释和时间表达数据.
- 识别了节奏表达的RNA,将其分为早晨,晚上和晚上的类别.
结论:
- SUDAZFLNC是迄今为止最大的斑马鱼RNA及其表达特征数据库.
- 该数据库提供了研究RNA序列,表达模式和相互作用的基本工具.
- SUDAZFLNC将大大推进利用斑马鱼作为模型生物的研究.
