用生物信息学和分子技术与双子病毒编码的蛋白质相互作用的gossypium hirsutum calmodulin类蛋白质 (cml11)

科学领域:

• 植物病毒学 植物病毒学
• 计算生物学是一种计算生物学.
• 分子相互作用分子相互作用.

背景情况:

• 植物病毒在全球范围内引起了重要的作物疾病.
• 了解病毒与宿主蛋白相互作用至关重要,但在计算上具有挑战性.
• 双子病毒科 (Geminiviridae) 是一个主要的植物病毒家族,具有复杂的宿主相互作用.

研究的目的:

• 开发一种用于预测病毒与宿主蛋白相互作用的计算策略.
• 为了研究Geminiviridae转录激活蛋白 (TrAP/C2) 和棉花calmodulin类蛋白 (Gh-CML11) 之间的相互作用.
• 用实验方法验证计算发现.

主要方法:

• 使用蛋白质结合和接口预测方法.
• 使用对接模拟来评估结合亲和力.
• 使用基因本体学和在核定位信号 (NLS) 工具用于亚细胞定位.
• 使用酵母二杂交,双分子光补充和拉下测试的验证计算预测.

主要成果:

• 确定了TrAP/C2和Gh-CML11之间强大的结合亲和力,由负的吉布斯自由能量变化支持.
• 预测了TrAP的核定位,这表明它在感染期间在宿主细胞核中的作用.
• 计算预测经过实验验证,证实了相互作用.
• 证明了全长和截断的TrAP对植物细胞机械的影响.

结论:

• 这项研究提供了第一份关于棉花CML蛋白与贝戈莫病毒编码的TrAP之间的相互作用的广泛报告.
• 这些发现突出了Gh-CML11在通过与病毒TrAP相互作用来调解病毒感染中的重要作用.
• 开发的计算方法为研究其他病毒与宿主相互作用提供了有价值的工具.