大规模并行记者试验和小鼠转基因试验提供了关于神经元增强剂活性的补充信息
Michael Kosicki1, Dianne Laboy Cintrón2,3, Nicholas F Page2,3,4
1Environmental Genomics & System Biology Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 94720, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|May 7, 2024
概括
将大规模并行报告员测定 (MPRA) 与小鼠模型相结合,可以改善与精神疾病相关的非编码变体的研究. 这种方法在体内验证了MPRA的发现,揭示了关键的功能洞察力.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 在
- 神经科学是一个神经科学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 数以十万计的非编码基因变异与精神疾病有关.
- 大规模并行报告测试 (MPRA) 和转基因小鼠测试用于研究变异影响,但MPRA与体内功能相关性尚不清楚,转基因测试的吞吐量较低.
研究的目的:
- 调查结合MPRA和小鼠转基因试验的实用性,以研究非编码变体.
- 创建功能性神经元增强剂和变异效应的目录.
主要方法:
- 对来自验证增强剂和胎儿神经元ATAC-seq数据的5万多个序列进行了MPRA.
- 测试了超过2万种变异,包括合成突变和177种常见的精神疾病相关变异.
- 在转基因小鼠测定中验证的高影响MPRA变体,包括在小鼠胚胎中.
主要成果:
- 在MPRA活性和小鼠神经元增强剂活性之间发现了强烈的,特定的相关性.
- 在小鼠胚胎中观察到神经元增强剂活性的变化,用于具有强烈MPRA效应的变体.
- 在小鼠测定中识别了类变异效应,MPRAs无法检测到.
结论:
- 结合MPRA和小鼠转基因试验是有效的研究非编码变体.
- 该研究提供了功能神经元增强剂及其变异效应的大量目录.
- 这种综合方法提高了对精神疾病遗传贡献的理解.


