通过红外双重质量标签提高量化单细胞蛋白质的灵敏度
Trenton M Peters-Clarke1,2, Yiran Liang3, Keaton L Mertz1,2
1Department of Chemistry, University of Wisconsin─Madison, Madison, Wisconsin 53706, United States.
Journal of proteome research
|May 7, 2024
概括
红外双重质量标签 (IR-TMT) 通过最大限度地提高记者离子生成来增强单细胞蛋白质组. 这种新的方法提高了分析细胞异质性的定量准确性和吞吐量.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞蛋白质组学需要高的分析灵敏度,由于有限的起始材料.
- 蛋白质组学中的异标记方法在定量准确性和精度上面临限制,这是由于受限的记者离子生成造成的.
- 像HCD (高能碰撞解离) 这样的传统方法表现出m/z的依赖性,影响离子效率.
研究的目的:
- 开发一种最大限度地提高记者离子生成的方法,以提高单细胞蛋白质组学中的定量准确性.
- 克服现有的质谱技术在处理有限的样本数量方面的局限性.
- 为了提高单细胞蛋白质组分析的灵敏度和吞吐量.
主要方法:
- 开发红外双重质量标签 (IR-TMT),结合红外光激活和离子停车.
- 应用IR-TMT对使用18个复合体TMTpro的单细胞人体蛋白质组.
- 与传统的SPS-MS3方法进行比较分析.
主要成果:
- 与传统的SPS-MS3.3相比,IR-TMT实现了报告器信号的4-5倍增加.
- 该方法证明注射时间缩短了4-5倍,表明灵敏度更高.
- 通过IR-TMT,可以实现更快的工作周期,更高的吞吐量,以及增加的识别和量化.
结论:
- IR-TMT显著提高了蛋白质组实验的动态范围和灵敏度,特别是在单细胞应用中.
- 这种技术克服了其他方法固有的m/z依赖性和记者降解问题.
- IR-TMT与气相分化和实时搜索等先进技术兼容,有望在研究细胞异质性方面得到更广泛的应用.


