无菌哨兵和MinION测序捕获活跃的土壤微生物群落,这些微生物群落可以区分作物旋转

科学领域:

• 土壤微生物学 土壤微生物学
• 农业科学 农业科学
• 环境监测环境监测环境监测

背景情况:

• 土壤微生物群落对于土壤过程至关重要,但由于高度多样性和空间异质性,测量是具有挑战性的.
• 监测微生物对农业管理的反应,如作物轮换,受到这种复杂性的阻碍.
• 专注于活跃生长的微生物的方法可以减少变异性并改善管理影响的检测.

研究的目的:

• 测试一种使用无菌哨兵区分作物旋转的生长袋方法.
• 评估不同化时间对哨兵殖民的有用性.
• 为了比较哨兵的统计能力与用于微生物社区分析的土壤批量采样.

主要方法:

• 使用了在生长袋的方法,使用了灭菌的土壤 (
• 无菌的哨兵是无菌的哨兵
• ) 捕获活跃生长的微生物.
• 评估了不同的化时间,并将哨兵群体与同时采样的散土土壤进行了比较.
• 采用牛津纳米孔MiniON测序用于快速微生物社区概况.

主要成果:

• 哨兵提供了比散土更大的统计能力来区分作物轮换之间的细菌群落.
• 哨兵提供了相当于为真菌群体填充土壤的统计能力.
• 化时间没有影响统计能力,但影响了微生物总生物量.

结论:

• 无菌哨兵捕获特定的微生物种群 (复制性,原生,植物相关) 敏感于管理差异.
• 哨兵方法表明,作为监测土壤微生物群落的敏感和可扩展的方法,它具有前景.
• 哨兵数据补充了传统的土壤采样,为微生物对农业实践的反应提供了专注的观点.