在猪组织中基线蛋白质表达的综合蛋白质学分析
Shengbo Wang1, Andrew Collins2, Ananth Prakash1,3
1European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom.
Journal of proteome research
|May 8, 2024
概括
这项研究使用公开的蛋白质组学数据绘制了14个器官的猪蛋白表达图. 猪和人类的蛋白质表达显示出高度的相关性,特别是在重要器官,如大脑和心脏.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 进行比较的基因组学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 公开的蛋白质组学数据集为大规模分析提供了机会.
- 苏斯·斯克罗法 (家猪) 是食品生产和生物医学研究的宝贵典范.
- 了解基线蛋白质表达对于比较研究至关重要.
研究的目的:
- 为猪器官创建全面的蛋白质表达图.
- 为了比较猪组织内和猪组织之间的蛋白质表达模式.
- 为了研究猪和人类 ортолог之间蛋白质表达的相关性.
主要方法:
- 从PRIDE数据库中重新分析了14个公共蛋白质组学数据集.
- 来自20个健康猪组织 (14个器官) 的128个样本中的量化蛋白质丰富度.
- 为了进行全面分析,利用了599次质谱运行.
主要成果:
- 在14个猪器官中建立了基线蛋白质丰度.
- 鉴定了特定组织的蛋白质分布和表达模式.
- 在猪和人类 ортолог之间,蛋白质表达的高相关性被证明,特别是在大脑,脏,心脏和肝脏.
- 将发现整合到表达力图谱资源中.
结论:
- 这项工作为猪和比较生物学提供了宝贵的资源.
- 猪和人类之间蛋白质表达的高度保存凸显了猪作为生物医学模型的实用性.
- 表达力图谱 (Expression Atlas) 便于访问和可视化猪蛋白表达数据.
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